Реактив cеквенирование нового поколения (NGS) KAPA

в растворереакционная средадля гибридизации

Обзор
Эффективные решения для таргетного обогащения NGS на базе рабочих процессов Roche KAPA HyperCap и KAPA HyperPETE. Решения охватывают широкие и фокусированные панели, поддерживают индивидуальные дизайны и образцы с низким входом, такие как cfDNA.

Решение
Комплексное портфолио таргетного обогащения с двумя взаимодополняющими технологиями. Рабочий процесс KAPA HyperCap основан на гибридной захват‑методике и подходит для больших панелей и всестороннего обнаружения вариантов. Рабочий процесс KAPA HyperPETE использует Primer Extension Target Enrichment (PETE) и предназначен для небольших фокусированных панелей и крайне низких входов (например, cfDNA). KAPA HyperPETE сочетает скорость и простоту ампликон‑похо́жего workflow с производительностью гибридного захвата, включая хорошую однородность и высокие on‑target показатели.

Интегрированные предложения
Интегрированные workflows включают высококачественные зонды/праймеры и KAPA Library Prep Kits, обеспечивая сквозной процесс от образца до библиотеки для проектов таргетного секвенирования.

• Exome probes: решения для whole‑exome, оптимизированные для широкой базы покрытий
• Catalog panels: фиксированные генетические панели, доступные со склада для быстрого развёртывания
• Design Share panels: экспертные панели, разработанные в сотрудничестве с исследователями
• Custom probes: индивидуальные дизайны для любых регионов генома человека или других организмов

Основные типы продуктов и ключевые моменты
Примеры компонентов портфеля и краткие описания:

• KAPA HyperExome V2 Probes and Kits: решение для секвенирования всего экзома с расширенным покрытием
• AVENIO Edge System: полностью автоматизированный IVD‑линик для подготовки библиотек, таргетного обогащения, количественной оценки, нормализации и пуллинга
• KAPA EvoPlus Boost Kits: подготовка DNA‑библиотек с энзиматическим фрагментированием и оптимизированным автоматизируемым workflow
• KAPA HyperCap Catalog Panels and Kits: генетические панели для исследований по таргетному обогащению
• KAPA HyperPETE Catalog Panels and Kits: фиксированные панели с использованием технологии KAPA HyperPETE
• Design Share Panels: NGS‑дизайны, разработанные учёными Roche и их партнёрами
• HyperDesign: инструмент для кастомного проектирования, комбинирующий технологию KAPA и опыт Roche в проектировании зондов/праймеров
• KAPA HyperCap Custom Probes / KAPA HyperPETE Custom Probes: кастомные зонды/панели для областей ДНК и РНК

Ценность
Таргетное обогащение концентрирует секвенирующие чтения на выбранных участках генома, значительно сокращая затраты и вычислительную нагрузку по сравнению с секвенированием всего генома. Это позволяет получить большую глубину на целевых регионах и повысить чувствительность к низкочастотным соматическим вариантам в гетерогенных или низко‑входных образцах — критично для онкологических и трансляционных исследований.

Видение
Roche стремится предоставить исследователям полный набор инновационных решений для таргетного обогащения NGS — от каталоговых и преднастроенных панелей до полностью кастомных дизайнов — для преодоления задач секвенирования и получения точных, чувствительных результатов с низким вводом и сложными целями.

Сравнение / соображения (кратко)
На сайте представлена подробная таблица сравнения KAPA HyperCap, KAPA HyperPETE и ампликон‑основанных рабочих процессов по критериям удобства использования, производительности, технологии, времени выполнения, размера панели, применений и поддержки вторичного анализа. Ключевые технические выводы резюмированы ниже.

Примечания
Продукты и наборы, где указано, предназначены только для исследовательского использования (RUO).

Технические характеристики

• Workflows: KAPA HyperCap Workflow (гибридная захват‑гибридизация); KAPA HyperPETE Workflow (Primer Extension Target Enrichment); ампликон‑основанные workflows (PCR‑амплификация)
• Удобство использования: KAPA HyperCap – легко автоматизируется, снижая время ручной работы; KAPA HyperPETE – однодневный, автоматизируемый workflow; Ампликон – самый быстрый workflow
• Производительность: KAPA HyperCap – высокая эффективность секвенирования и обнаружение основных классов мутаций; KAPA HyperPETE – наивысшая эффективность для маленьких панелей и обнаружение основных классов мутаций; Ампликон – хорошая производительность по SNV/Indel, ниже однородность и ограниченное обнаружение CNV/новых фузий
• Время выполнения: KAPA HyperCap – ~1.5 дня; KAPA HyperPETE – один день; Ампликон – одна смена
• Размер панели: KAPA HyperCap – до whole exome и более; KAPA HyperPETE – до ~250 Kb; Ампликон – до нескольких мегабаз (практические ограничения)
• Применения: KAPA HyperCap – наследственная генетика и исследование наследственной/соматической онкологии; KAPA HyperPETE – исследование соматической онкологии и обнаружение RNA‑фузий (известные и новые партнёры); Ампликон – исследование соматической онкологии и наследственной генетики (известные фузии)
• Поддержка вторичного анализа: KAPA HyperCap & KAPA HyperPETE – поддержка germline и somatic вторичного анализа с использованием open‑source биоинформатических инструментов; ампликон – зависит от поставщика