Набор реактивов для подготовки проб KAPA RNA EvoPrep

ДНК-полимеразаДНК-лигазадля исследований

Обзор
Наборы KAPA RNA EvoPrep обеспечивают упрощённый рабочий процесс подготовки RNA-библиотек для секвенирования нового поколения (NGS). Развивая линейку KAPA RNA HyperPrep Kit, EvoPrep преобразуют вводимый RNA в библиотеки с присоединёнными адаптерами, готовые к секвенированию, при меньшем количестве шагов и сокращённом времени ручной работы. Продукт предназначен только для исследовательского использования (RUO) и не предназначен для диагностических процедур.

KAPA RNA EvoPrep Kit для подготовки RNA-библиотек

• Быстрый рабочий процесс ~3,5 часа с минимальным временем ручной обработки
• Чувствительный: выявляет больше уникальных транскриптов, включая при низких входных количествах и деградированном (FFPE) RNA
• Надёжный: высокая согласованность при различных входных количествах и воспроизводимые результаты

Ключевые преимущества и основные моменты

• Упрощённый рабочий процесс снижает время ручной работы, расход реагентов и пластика
• Улучшенные показатели конверсии библиотек и более высокие выходы в широком диапазоне входов
• Повышенное захватывание уникальных молекул (улучшенный процент уникальных отображённых чтений, снижение дупликаций и процента адаптер-димеров)
• Подходит для автоматизации: совместим с системами автоматического распределения жидкостей и рабочими процессами Roche AVENIO Edge System
• Включает улучшенную лигирующую химию (KAPA EvoT4 DNA ligase) и KAPA HiFi HotStart DNA Polymerase в амплификационной смеси для низкого искажения и высокой точности PCR

Производительность и чувствительность
Наборы демонстрируют повышенную производительность по сравнению с предыдущими KAPA RNA HyperPrep Kits и рядом конкурентных наборов: обнаруживают больше генов и транскриптов при обработке низкокачественных FFPET образцов и при диапазоне входов от низких (5 нг) до более высоких (до рекомендованных максимумов). Отчётные данные подчёркивают: большее число обнаруженных генов в низкокачественных FFPET-пробах, более высокий процент уникальных отображённых чтений, снижение частоты дупликаций и снижение процента адаптер-димеров.

Краткий обзор рабочего процесса

• Опциональное предварительное обогащение: либо захват mRNA (poly(A) oligo-dT бусины), либо деплеция rRNA и/или глобина (гибридизация с комплементарными ДНК-олигонуклеотидами с последующей обработкой RNase H/DNase)
• Фрагментация RNA (нагрев + магний)
• Синтез 1-й цепи cDNA методом случайного прайминга
• Комбинированный синтез 2-й цепи и A-tailing (dUTP вводится во 2-ю цепь для обеспечения стренд-специфичности)
• Лигирование адаптеров (TA-лигация к A-tailed фрагментам)
• Амплификация библиотек с использованием высокоточной полимеразы (цепь, маркированная dUTP, не амплифицируется для обеспечения стренд-специфичности)

Совместимость и рекомендованные входы
Таблица (варианты продукта и типичные входы):
Product variant — Typical reactions — EAN
KAPA RNA EvoPrep (24rxn) — 24 reactions — 07613336240564
KAPA RNA EvoPrep (96rxn) — 96 reactions — 07613336240557
KAPA RNA EvoPrep Kit (384rxn) — 384 reactions — 07613336239308
KAPA mRNA EvoPrep (24rxn) — 24 reactions — 07613336239377
KAPA mRNA EvoPrep (96rxn) — 96 reactions — 07613336239384
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (24rxn) — 24 reactions — 07613336239315
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (96rxn) — 96 reactions — 07613336239322
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (384rxn) — 384 reactions — 07613336239339
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase Globin (96rxn) — 96 reactions — 07613336239353
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase Globin (384rxn) — 384 reactions — 07613336239360

Примечания по входам и типам образцов: рекомендуемые диапазоны входных количеств варьируются в зависимости от варианта набора (примеры включают 0,25 нг–100 нг для некоторых RNA EvoPrep наборов, 5 нг–1 мкг или 25 нг–1 мкг для других). KAPA mRNA EvoPrep предназначен для высококачественного RNA (RIN ≥ 7) и poly(A)-выборки; наборы с RiboErase (HMR) / Globin предназначены для деплеции человека/мыши/крысы и совместимы с низкокачественным FFPE RNA при использовании соответствующих входов и корректировок протокола.

Хранение и обращение
Типичные рекомендации по хранению: температурно-чувствительные компоненты (реагенты для синтеза cDNA и подготовки библиотек) следует хранить при –15°C до –25°C; некоторые компоненты предварительного обогащения (например, mRNA capture) хранить при 2°C–8°C; KAPA HyperPure Beads хранить при 2°C–8°C. Следуйте инструкциям по применению для точных указаний по хранению, обращению и рекомендуемым контрольным точкам в протоколе.

Регуляторное примечание / примечание по использованию
Только для исследовательского использования. Не использовать в диагностических процедурах.

Характеристики / технические спецификации

• Семейство продуктов: KAPA RNA EvoPrep
• Основное применение: подготовка RNA-библиотек для NGS (весь транскриптом, экспрессия генов, сплайсинг, генетические слияния, lncRNA)
• Опции обогащения: без обогащения (total RNA), mRNA capture (poly(A)), деплеция rRNA и/или глобина (HMR/Globin)
• Диапазоны входов (примеры по наборам): 0,25 нг–100 нг; 5 нг–1 мкг; 25 нг–1 мкг (зависит от варианта набора)
• Время подготовки библиотеки (типично): ~3,5 часа (упрощённый протокол)
• Фрагментация: нагрев + магний, настраиваемая по качеству входа
• Стренд-специфичность: Да (включение dUTP во 2-ю цепь; стренд-специфическое секвенирование)
• Лигирующая химия: KAPA EvoT4 DNA ligase
• Полимераза для амплификации: KAPA HiFi HotStart DNA Polymerase
• Очистка с использованием бусин: KAPA HyperPure Beads поставляются для этапов очистки
• Автоматизация: совместимо с liquid-handling автоматизацией и Roche AVENIO Edge System
• Совместимость по видам: KAPA RNA EvoPrep (без предварительного обогащения) — широкая (эвкариоты, микробы, растения и т.д.); наборы с RiboErase (HMR)/Globin — олигонуклеотиды для деплеции человека, мыши, крысы
• Типичные преимущества: повышенная чувствительность (больше уникальных транскриптов), более высокий процент уникальных отображённых чтений, снижение дупликаций и адаптер-димеров, меньше реагентов/этапов очистки