Гены слияния являются одним из основных факторов опухолевого генеза и прогрессии опухолей. Они постоянно включаются в международные руководства по определению. Слияние генов также играет важную роль в определении диагноза и прогноза. При солидных опухолях каждый тип опухоли имеет как опухолеспецифические слияния, так и те, которые являются общими для нескольких видов рака.
Гены слияния в солидных опухолях
1. Партнеры по слиянию генов имеют широко распространенные точки разрыва и нефиксированные горячие точки
Обычные IHC, FISH не могут различить партнеров по слиянию генов
Точки слияния широко распределены и могут существовать в интронных областях, обнаружение на уровне ДНК не обеспечивает полного покрытия
2. Только анализ ДНК может привести к пропуску обнаружения
Из-за ограничений по охвату панели 4-14% пациентов с НСКЛ, отрицательных по драйверным генам, упускают возможность лечения
3. Точки разрыва генов слияния, обнаруженные на уровне ДНК, не могут быть использованы для вывода о функционально значимых моделях слияния мРНК
Значительная часть слияний "ген-интергенный регион", обнаруженных при секвенировании на уровне ДНК, не приводит к образованию функциональных транскриптов слияния на уровне РНК, что позволяет предположить, что некоторые гены слияния, обнаруженные на уровне ДНК, не могут быть использованы в качестве терапевтических мишеней
4. Обычная РНК-секвенирование не позволяет выявить транскрипционные сигнатуры опухолевых тканей в малых масштабах
RNA-Seq не обладает достаточной чувствительностью и разрешением, поэтому требует более высокого качества образцов и недостаточно выявляет слияния с малой концентрацией
Pancarna™ использует технологию направленного секвенирования РНК для комплексного выявления слияний генов в солидных опухолях, с повышенной чувствительностью и динамическим диапазоном по сравнению с РНКсеквенированием всего транскриптома.
---