Программное обеспечение для составления отчетности virSEAK

для импортацииcеквенирование нового поколения (NGS)для молекулярной биологии

virSEAK (RUO - research use only) предлагает быстрое и удобное сравнение вашей последовательности SARS-CoV-2 с имеющимися последовательностями. После индивидуальной настройки вашего набора просто загрузите данные fastq- или fasta и получите выровненную последовательность с вариантами. Кроме того, ваша последовательность будет отнесена к роду панголинов (например, B.1.1.7) и кладу GISAID (например, L). virSEAK также автоматически проверяет, содержит ли ваша последовательность варианты белка шипа N501Y и или E484K. Показатели покрытия и качества, включая: требуемое, абсолютное, среднее и медианное покрытие, % оснований "дикого типа" и "N". Индикатор качества показывает, удовлетворяет ли качество определенным порогам качества. Кроме того, инструмент оптимизирован для высокопроизводительного секвенирования NGS с автоматизированными функциями импорта и экспорта и настраиваемым переносом последовательности. Легко создавать мультифаста-файлы для улучшения отчетности в центральный офис по наблюдению за эпидемиологической ситуацией и распространением мутаций (например, для Германии - Институт Роберта Коха). virSEAK - устанавливаемая версия: простой импорт сырых fastq или предварительно обработанных fasta файлов секвенирования высокопроизводительное секвенирование NGS с автоматическим пакетным импортом и экспортом автоматическое оповещение при наличии мутации (мутаций) N501Y и/или E484K получение отнесения к роду панголинов и кладу GISAID проверка наличия других вариантов с указанием частот сравнить подтипы, количество и расположение находок, ... экспортировать последовательность и варианты (с метаинформацией, в формате fasta и/или csv) хранение результатов полностью автоматизированное высокопроизводительное секвенирование с настраиваемой передачей последовательности