Модуль программного обеспечения для исследований SimpleSlideInterface

для лаборатории гистопатологиидля виртуальной микроскопиидля макроскопической визуализации патологий

Обзор
SimpleSlideInterface — это REST‑подобный API и программный интерфейс, обеспечивающий структурированный программный доступ к цифровым патологоанатомическим слайдам, аннотациям и метаданным. Он интегрирует решения 3DHISTECH (SlideCenter, SlideStorageDX) и локальные репозитории с системами третьих сторон для автоматизированного анализа изображений, AI‑воркфлоу, высокопроизводительных исследований и совместной работы в клинической среде.

Возможности

• Эффективный доступ к слайдам: получение, открытие и запрос слайдов из локального хранилища, SlideCenter и SlideStorageDX.
• Получение метаданных слайда: извлечение свойств, таких как размеры, разрешение, каналы и карты сканирования.
• Продвинутая работа с тайлами и изображениями: чтение конкретных тайлов или областей по координатам, увеличению и индексам фокуса.
• Управление аннотациями: чтение/вставка/удаление аннотаций в формате GeoJSON; поддержка обработки TMA‑маркеров.
• Доступ к оригинальному полю зрения (FOV): получение сырых данных камеры (требуется лицензия).
• Поиск и фильтрация: поиск папок и слайдов по локальным и удалённым репозиториям.
• Поддержка разработчиков: REST‑подобный API с примерами на Python и интеграцией Jupyter Notebook для быстрого прототипирования.

Ключевые характеристики (вкратце)

• REST‑подобный API для доступа и манипуляций со слайдами.
• Примеры на Python и поддержка Jupyter Notebook.
• Эффективное получение тайлов и выборочное чтение областей.
• Безопасные варианты интеграции для исследовательских и клинических внедрений.

Варианты продукта и лицензирование

• SimpleSlideInterface (Research Version): редакция для исследований с бесплатным доступом к основным функциям; ограниченная локальная пропускная способность, платные обновления для неограниченного локального доступа и ускоренного получения тайлов.
• SimpleSlideInterface DX (Integration Version): интеграционная редакция для клинических/диагностических систем с лицензионным полным доступом к SlideStorageDX и безопасным доступом к изображениям без извлечения данных о пациентах.
• Ограничения бесплатной версии: одна запущенная инстанция, ограниченный локальный доступ к слайдам, предел получения тайлов 1000 тайлов/с (64 МП/с).

Дополнительные возможности

• Кеширование данных изображения и атрибутов на уровне слайда при открытии.
• Поддержка чтения/записи аннотаций GeoJSON и обработка TMA‑маркеров.

Системные требования

• Аппаратное обеспечение: 4‑ядерный CPU с AVX2 (Intel Haswell или AMD Zen), 4 ГБ ОЗУ, 1,0 ГБ свободного диска.
• ОС: минимум Windows 10 Pro (64‑bit) или Windows Server 2019 (64‑bit).
• Сеть: минимальная пропускная способность 1 Gb/s; рекомендуется 10 Gb/s для удалённых хранилищ слайдов.
• Производительность: поддерживает ~8 слайдов на поток CPU; ~100 МБ ОЗУ на открытый слайд.
• Доп. ПО: Microsoft .NET 8.0 (для размещения на Windows Server); Visual C++ 2015‑2022 Redistributable (x64).

Примечания
При использовании вместе с SlideCenter/SlideStorageDX или при размещении на удалённом хосте критична высокая пропускная способность сети. Интерфейс кеширует данные изображения и атрибутов при открытии слайда, что влияет на использование памяти.

Технические характеристики

• Тип интерфейса: REST‑подобный API
• Основные интеграции: SlideCenter, SlideStorageDX, локальные репозитории слайдов
• Поддержка разработчиков: примеры на Python, примеры Jupyter Notebook
• Формат аннотаций: GeoJSON (чтение/вставка/удаление)
• Ограничение получения тайлов (бесплатно): 1000 тайлов/с (64 Мегапикселей/с)
• Получение оригинального FOV камеры: доступно (требуется лицензия)
• Использование памяти на слайд: ~100 МБ при открытии
• Требования к CPU: 4 ядра с AVX2; поддерживает 8 слайдов на поток CPU
• Минимум RAM: 4 ГБ
• Минимум дискового пространства: 1,0 ГБ свободно
• Минимальная пропускная способность сети: 1 Gb/s (рекомендуется 10 Gb/s)
• Требуемое окружение: Microsoft .NET 8.0 (для хостинга на Windows Server)