Программное обеспечение для разработки LD1

для обмена информациейдля транскрипциимедицинское

Автоматическое исключение гомологии и шаблонной структуры Опции локального и настольного BLAST Автоматический поиск последовательностей Просмотр последовательностей Калькулятор праймеров Управление данными и базами данных Формирование отчетов О программе LAMP Designer Компания OptiGene предлагает программное обеспечение для разработки эффективных праймеров для анализа методом петлевой изотермической амплификации (Loop-Mediated Isothermal Amplification, или LAMP). LAMP - это изотермический метод амплификации ДНК, изобретенный японской компанией Eiken Chemical Company Ltd. и позволяющий амплифицировать несколько копий ДНК до 109 копий всего за 30 минут. LAMP, сопряженный с обратной транскрипцией, может также применяться для амплификации последовательностей РНК. В LAMP используются шесть специально разработанных праймеров, которые распознают восемь различных областей в целевой ДНК, и дизайн этих шести праймеров имеет решающее значение для успешного анализа. LAMP Designer получает партии генных последовательностей непосредственно в программу из онлайновых источников, таких как GenBank. Программа может выполнять BLAST-поиск, чтобы избежать перекрестных гомологий при разработке праймеров. Также поддерживаются опции Local и Desktop BLAST для использования пользовательских и неопубликованных баз данных. В LAMP Designer реализовано представление последовательности с обозначением праймеров на ней, а также расчет температуры плавления Tm с использованием термодинамической теории ближайших соседей и высокоточных значений SantaLucia. Программа также экспортирует отчет о качестве публикации разработанных анализов для предоставления коллегам. Данные организуются в формате проекта, ведется локальная база данных с информацией о последовательностях и результатах поиска. LAMP Designer автоматически интерпретирует результаты поиска BLAST, избегая перекрестных гомологий