Программное обеспечение имеет встроенные модули анализа данных с автоматическим вычитанием базовой линии и расчетом порога для определения значений Ct или возможных стандартных кривых и эффективности ПЦР.
Дальнейший анализis также может проводиться автоматически, например, абсолютная или относительная количественная оценка.
Программное обеспечение также включает в себя методы анализа для распознавания аллелей на основе зондов и использования положительного/отрицательного анализа посредством определения конечной точки образцов.