ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin) с последующим секвенированием следующего поколения - ключевая технология для геномного картирования доступного хроматина. Технология основана на использовании транспозазы Tn5, которая разрезает открытый хроматин и одновременно лигирует адаптеры для последующей амплификации и секвенирования. Методы ATAC-seq позволяют:
Получить представление о регуляции генов и понять сигнатуры открытого хроматина
Определить положение нуклеосом с разрешением в один нуклеотид
Выявить занятость транскрипционных факторов (ТФ)
Набор ATAC-seq компании Diagenode основан на высоко валидированном протоколе, оптимизированном для 50 000 клеток на реакцию. Набор включает реагенты для лизиса клеток и выделения ядер, мечения и очистки ДНК, а также для амплификации библиотеки. Индексы праймеров для мультиплексирования в набор не входят и приобретаются отдельно.
Особенности набора ATAC-seq:
Потребность в клетках: 50 000 клеток / rxn
Надежный протокол с высокой воспроизводимостью между репликами и повторными экспериментами
Простой и эффективный захват ДНК после реакции мечения с помощью колонок Diagenode`s MicroChIP DiaPure (входят в комплект)
Дополнительный этап qPCR для определения количества циклов, необходимых для амплификации библиотеки:
Позволяет избежать избыточной амплификации
Позволяет адаптироваться/гибко подстраиваться под более сложные образцы для успешной подготовки библиотек.
Дает раннее предупреждение о том, что эксперимент не удался (нет амплификации qPCR)
---