Программное обеспечение для последовательности оснований в ДНК EPI2ME

анализа данныхрежим реального времени

Обзор продукта
Oxford Nanopore предлагает программное обеспечение и инструменты для анализа данных нанопорового секвенирования, сочетая преднастроенные рабочие процессы EPI2ME с операционной средой MinKNOW. Решения поддерживают анализ в реальном времени и развертывание на ноутбуках, рабочих станциях, кластерах, в облаке и на устройствах Oxford Nanopore для нужд исследовательских и клинических лабораторий.

Преднастроенные рабочие процессы анализа с EPI2ME

• Доступны через интуитивное настольное приложение или интерфейс командной строки
• Преднастроенные рабочие процессы для различных приложений секвенирования
• Выполнение анализа на ноутбуке, кластере, в облаке или на устройствах ONT
• Получение результатов во время секвенирования благодаря рабочим процессам в реальном времени
• Создание и обмен собственными рабочими процессами через приложение EPI2ME

Для ученых

• Интерфейсы, ориентированные на пользователя, для рутинной проверки данных
• Структурированные отчеты для быстрой интерпретации результатов
• Многие рабочие процессы работают без необходимости в специализированной биоинформатике
• Право собственности на данные сохраняется от образца до результата

Для биоинформатиков

• Доступ к basecaller и инструментам через репозитории Oxford Nanopore на GitHub
• Определения рабочих процессов EPI2ME доступны на GitHub или можно интегрировать собственный код
• Поддержка командной строки обеспечивает расширенные и автоматизированные интеграции

MinKNOW

• Операционное ПО для устройств секвенирования Oxford Nanopore
• Управляет сбором сырых данных и basecalling
• Включает встроенное обнаружение метилирования, когда это применимо
• Поддерживает in silico таргетное секвенирование с помощью adaptive sampling
• Предоставляет API для подключения инструментов вверх и вниз по потоку

Наборы данных и совместимые решения

• Открытые наборы данных предоставляются для поддержки разработки методов и бенчмаркинга
• Oxford Nanopore сотрудничает с третьими сторонами по анализу для предоставления end-to-end решений интерпретации
• Доступны онлайн-обучение и мастер-классы для помощи пользователям

Технические характеристики

• EPI2ME: преднастроенные, работающие в реальном времени рабочие процессы; настольное приложение и интерфейсы командной строки
• Развертывание: поддерживает ноутбуки, рабочие станции, кластеры, облако и устройства ONT
• Анализ в реальном времени: доступ к промежуточным и итоговым результатам во время секвенирования
• Настройка: создание, экспорт и обмен пользовательскими рабочими процессами через EPI2ME
• MinKNOW: сбор данных, basecalling, обнаружение метилирования, adaptive sampling, MinKNOW API для интеграций
• Инструменты и basecaller: поддерживаются и доступны через репозитории Oxford Nanopore для продвинутых пользователей
• Целевые аудитории: лабораторные исследователи (многие рабочие процессы не требуют глубокой биоинформатики) и биоинформатики (поддержка командной строки и интеграции)