Диапазон размеров фрагментов, которые необходимо разделить, определяет выбор концентрации агарозы в геле. Обычно концентрация агарозы составляет от 0,5 до 3,0%. Для больших фрагментов ДНК требуются низкопроцентные гели, а для малых фрагментов ДНК рекомендуются высокопроцентные гели. Слабые гели (0,5% агарозы) следует электрофорезировать при низких температурах (например, -4°C). Для рутинного электрофореза рекомендуются агарозные гели 0,75...1,0% для широкого диапазона разделений (0,15...15 кб). для разрешения ПЦР-фрагментов обычно выбирают 2...4%-ные агарозные гели. Если гель должен быть впоследствии сфотографирован, то тонкие гели (2-3 мм) с низким содержанием агарозы лучше толстых или высокопроцентных гелей. Последние дают повышенную непрозрачность и автофлуоресценцию.
Буфер для электрофореза
Буфер TAE обеспечивает оптимальное разрешение фрагментов длиной более 4 кб, в то время как для фрагментов длиной от 0,1 до 3 кб следует выбирать буфер TBE. TBE обладает более высокой буферной емкостью и меньшей проводимостью, чем TAE, поэтому его следует использовать для высоковольтного электрофореза. Кроме того, буфер TBE выделяет меньше тепла, чем TAE, при эквивалентном напряжении и не допускает значительного дрейфа рН. Примечание: из-за меньшей буферной способности TAE при проведении полноразмерного электрофореза, особенно при высоких напряжениях, его необходимо время от времени циркулировать или перемешивать.
Влияние температуры
Электрофорез при высоких напряжениях приводит к выделению тепла. Кроме того, буферы с высокой проводимостью, такие как TAE, выделяют больше тепла, чем буферы с низкой проводимостью.
---